[转帖]系统生物学新专集服务于入门者

王不留行

系统生物学新专集服务于入门者  

《自然-方法学》     作者：Daniel Evanko


    自然出版集团推出的一本包含有网络版和印刷版的专集，对系统生物学这一领域进行了实用性的介绍。这一领域虽然前景不错，但人们对其仍有着诸多怀疑。
    随便找一个实验生物学家，问他对于系统生物学(systems biology)的看法，你不可能得到完全相同的答案。这一包含有大量数据系列的新兴领域同时有着众多的拥趸者和批评者。导致这种局面的一个可能原因是，该领域还处于幼年期，它很难实现提供更为宏观解释的诺言，对经典研究也就用途不大。另一种原因也许是它对于数学方法和计算方法的依赖性，这对于擅长于实验研究的分子生物学家来说，经常是很难掌握的。由于系统生物学的有关方法不容易被掌握，而且该领域目前对于生物学现象的理解帮助不大，这样以来，那些对于系统生物学很陌生的研究者可能因此被吓跑了。然而，人们很清楚，要理解生物学的复杂性，一种新的方法仍然是需要的。
    《系统生物学用户指南》，是由《自然综述-分子细胞生物学》和《自然-细胞生物学》共同推出的一个专集，包含有网络版和印刷版。在这里，系统生物学方面的专家重点解释了服务于分子细胞生物学的系统生物学方法的方法论原理。这些信息的服务对象是那些实验室领导者，他们想知道系统生物学真正是关于什么的，它是否能为自己的研究提供些帮助。本专集包含有九篇文章，覆盖生物物理、统计学和物理化学的模拟方法，并为模拟友好型数据的需求提供全面的分析。
    进入这一领域的最基本要求就是对于大型数据库及其数据采集要有一定的理解能力。这本用户指南提供了一个生物信息学重要资源的列表，对它们的构成和应用进行了评价，以便帮助那些潜在的用户在这里自由冲浪。如果这些信息不是被精确定义的，也不是定量的和可复制的，那对于模拟这样的目标来说则是用途不大；对于潜在的用户来说，能理解和实施数据采集和存储是重要的。
    不管数据的质量和属性如何，数据和实验噪音导致的缺陷，仍将会阻碍正常的分析效果。数学模拟一定要源自合理的数据和恰当的验证。目前有关建模的很多方法都是令人生畏的，这里对一些重要方法的分析为读者提供了对各自领域最为适合的方法的指导。
    这本用户指南的目标就是帮助系统生物学领域之外的科学家，更好地理解这种对于生物特征调查很重要的新思路，促使他们使用这种方法来处理他们的数据。对于那些想在本领域更深入地开展工作的人来说，这一在线专集提供了一个参考书列表；对于那些想寻求合作研究和找工作的人来说，专集提供有一个系统生物学专门机构的列表。如果我们仅仅依赖于简约的方式和大体上依靠直觉来进行判断的方法，我们仍然无法真正对复杂的生物学过程进行理解。生物学家有了可以走得更远的工具，他们现在仅仅缺少的是数据。
    注：夏雨译自2006年12月号的《自然-方法学》，版权为英国NPG出版集团所有。更多信息请访问：http://www.natureasia.com/ch/naturemethods